El treball per projectes és una de les metodologies principals de la ZER. És en aquesta franja on els alumnes treballen sobre temàtiques concretes de manera transversal i en fan un aprenentatge que s’allarga tot el curs. Alguns dels projectes que s’han dut a terme estan relacionats amb la història, la geografia i les ciències naturals, entre els quals podem trobar-hi el Projecte de l’Edat Mitjana, dels Romans, de les Muntanyes i de l’Animació.

Es treballen diferents tipologies de projectes interdisciplinars de ZER i d’aula. 

Un d’ell és el PROJECTE INTERDISCIPLINARI DE ZER. Aquests comencen amb un happening que és el punt de partida motivador que enllaça tot el treball. El punt de partida és una efemèride, celebració o fet rellevant que té lloc durant l’any  o el curs pertinent. A partir d’aquí, i al llarg de tot el curs, totes les àrees i franges de treball que es duen a terme dia a dia, es relacionen directament amb la temàtica, de manera que es treballa de forma interdisciplinària, donant inputs i fonts d’informació constant durant tot el procés d’aprenentatge. 

L’ending d’aquest projecte serà el producte final, és la producció que tanca el projecte, i que es pensarà a cada aula en funció del procés d’ensenyament-aprenentatge que hagi tingut cada grup.

El PROJECTE INDIVIDUAL, el duu a terme cada alumne. Segons cada escola, la temàtica a tractar pot ser lliure o bé centrada en alguna família temàtica concreta. Els alumnes són lliures d’escollir la temàtica, de cercar i editar la informació, així com  també del format de la presentació del producte final.  

Aquest projecte individual es pot treballar des de casa amb l’ajuda de les faílies, i el treball acaba culminant amb les Conferències, que poden ser dutes a terme amb  la companyia o assistència de les famílies.